پس از شهادت امام جعفر صادق (ع)، عده بسياری از اسماعيليان به امامت و مهدويت محمد بن اسماعيل معتقد شدند؛ با اين توجيه كه امام صادق (ع) پسرش اسماعيل را نامزد امامت نمود و چون وی فوت كرد، امامت به پسرش محمد می رسد؛ بنابراين امام جعفر صادق (ع) محمد بن اسماعيل را جانشين خود ساخت و امامت حق محمد است و به ديگری نمی رسد.  نوبختی و قمی، هواداران اين فرقه را مباركيه خوانده‌اند.  و در اين خصوص، روايت‌هایی از قول امام ششم شيعيان (ع) نقل می كنند. محمد بن اسماعيل در هنگام شهادت جدش ۲۶ ساله بود. امام جعفر صادق‌ (ع) او و برادرش علی را مخفی كرد و محمد بن اسماعيل از ترس هارون كه دستور دستگيری او را صادر كرده بود از مدينه گريخت و به شهرهای مختلفی مهاجرت كرد و سرانجام در فرغانه فوت كرد و همان‌ جا دفن شد. 

در منابع رجالی شيعه، مطلب خاصی درباره محمد بن اسماعيل نيامده است. بنا به نقل كلينی، محمد بن اسماعيل پيش از سفر به بغداد نزد عمويش، امام موسی كاظم (ع)، آمد و ايشان سه بار او را سفارش به ترس از خونشان نمودند؛ امّا محمد به نزد هارون در بغداد رفت و از امام سعايت كرد و از خليفه صله گرفت. 

عدم دسترس اسماعيليان به محمد بن اسماعيل باعث شد تا به او لقب «المكتوم» داده شود و وی را شخصيتی با خصايص ويژه معرفي كرده، برای او ارزش و اهميت والايی در نظر بگيرند. تبليغات اسماعيليان از زمان او در حجاز آغاز شد. داعيان محمد به جزاير زمين فرستاده شدند و دار الهجره‌ای برای آنان بنا گرديد و سيستم تبليغاتی گسترده‌ای پايه‌گذاری شد كه مراتب آن به تثليث مسيحيت شباهت داشت.  اعتقاد به مهدويت محمد بن اسماعيل در ميان اكثريت اسماعيليان نخستين رسوخ پيدا كرد و تبليغات گسترده‌اي در اين خصوص برپا شد.

بر طبق نظر اسماعيليان، تاريخ مقدس بشريت در هفت دوره و هر يك با طول زمانی مختلف به پايان می رسد. هر دوره با پيامبر ناطقی كه آورنده وحی منزل است، آغاز می شود و هر يك از اين ناطقان يك وصی روحانی دارد و در پی هر وصی، هفت امام می آيند كه اتماء ناميده می شوند. در دور هر امامی، هفتمين امام به مرتبه ناطقی اعتلا می يابد و پيامبر و ناطق دور بعدی مي‌شود. وی با نسخ شريعت ناطق پيشين، دور جديدی آغاز می كند. بر اين اساس، امام هفتم و پايان دهنده دور ششم (دور پيامبر اسلام(ص))، محمد بن اسماعيل بود كه دور امامت با او پايان می يافت.او كه استتار اختیار كرده است، چون ظهور كند ناطق هفتم و مهدی موعود می شود و تنها در مریبه او ناطق و اساس يكی خواهد بود. وی دين جديدی می آورد كه شريعت قبلی را نسخ می كند؛ تكاليف ظاهری بشريت را با منادی تأويل برمی دارد؛ به باطن توجه می نمايدو دور پايانی جهان را آغاز می نهد. به اين ترتيب، در دور واپسين و پيش از پايان دنيا، حقايق آزاد از هر رمز و رازی به تمامی جهان معلوم می شود و دور معرفت شروع می گردد. در اين عصر مسيحايی و مهدوی، ديگر نيازی به شرايع نيست؛ محمد بن اسماعيل به عدالت بر جهان فرمان خواهد راند و سپس عالم جسمانی را به پايان می رساند و به داوری روز رستاخيز آدميان می نشيند. در اين حال، وی قائم القيامة و امام روز رستاخير خواهد بود و دور او پايان تاريخ بشر است.در تأييد اين موضوع، روايت‌هايی در شأن و مقام محمد بن اسماعيل نقل شده است، از جمله اين روايت: «لوقام قائمنا علمتم القرآن جديداً.» 
ابن هيثم، متفكر بزرگ اسماعيلی، درباره مهدويت محمد بن اسماعيل می نويسد: «در روايات از قول پيامبر (ص) آمده كه مهدی نامش نام من است و اسم پدرش اسم پدر من است. گويند محمد بن اسماعيل مهدی موعود است، زيرا اسماعيل بن ابراهيم جد پيامبر است و خود او هم نام پيامبر است.» 

معتقدان به مهدويت محمد بن اسماعيل او را آخرين فردی می دانند كه هم امام بود و هم پيامبر،  و معتقد شدند كه وی زنده است و عبدالله بن ميمون بن مسلم بن عقيل، باب اوست. به اين ترتيب، غيبت محمد بن اسماعيل مورد توجه بسياری از اسماعيليان قرار گرفت و به صورت گسترده‌ای تبليغ شد و پايه‌های اعتقادی قرمطيان بر اين عقيده استوار گرديد. در كنار اين گروه كه محمد بن اسماعيل را مهدی و آخرين امام می دانستند. گروه ديگری از اسماعيليان معتقد بودند كه امامت در فرزندان او تداوم دارد و خلفای فاطمی از نسل محمد بن اسماعيل‌اند. اشعری از اين فرقه با نام «مباركيه» ياد می كند. 
دعوت اسماعيليان پس از محمد بن اسماعيل تا به قدرت رسيدن عبيدالله المهدی به ائمه مستور بود كه نامشان در منابع به اختلاف آمده است. اسماعيليان كه به ائمه مستور دعوت می كردند، امام حاضر را برگزيده خداوند معرفی كرده، وعده ظهور مهدی موعود را به يارانشان می دادند.

برگرفته ازمقاله ای مهدویت ازدیدگاه اسماعیلیان وقرمطیان،علی رضا روحى ميرآبادى